Наконец плюнул и переставил переключение раскладки на Caps Lock, потому что подружить Emacs с переключением на Shift так и не удалось (чтобы он вызывал toggle-input-method, а системный язык оставлял английский). Как это сделать с Caps Lock, описано здесь. Хотя Shift, конечно, удобнее...